استاد سید مرتضی خاتمی در سال 1322 هجری شمسی در قودجان خوانسار متولد شد. وی پیش از شروع تحصیل در دبستان ، آموزش قرآن و علوم دینی را در مکتب خانه آغاز کرد و ضمن ادامه تحصیل در مدارس تهران از محضر علما در مدارس علمیه بهره برد. در سال 1341 پس از فارغ التحصیلی در رشته ریاضی مدرسه دارالفنون… ایشان از سال 1333 رسما تحصیل در مدارس علمیه و حوزه‌ها را آغاز کردند . وی بخش زیادی از تحصیل و طلبگی خود را نزد آیت الله شهید سعیدی گذراند لکن بیشترین دروس حوزوی را به مدت 22 سال در محضر آیت الله وثوق تهرانی فراگرفت.ایشان در حدود سال 57 موفق به اخذ درجه اجتهاد از چهار نفر از علمای بزرگ به شرح زیر گردید:
1- آیت الله العظمی شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری اولین کسی که درجه اجتهاد امام خمینی(ره) را تأیید کرد.
2- آیت الله العظمی شبیر حسن نجفی
3- آیت الله العظمی صفایی خوانساری
4- آیت الله العظمی معصومی وثوق تهرانی
استاد در سنین 37 سالگی با تایید اساتید خود به درجه اجتهاد نائل آمدند و بیش از 20 سال عمیقا تقریرات استاد در خصوص تفاسیر قرآن کریم و تاریخ ادیان و مذاهب و فقه غنی شیعه را انجام دادند
حاشیه استاد بر کتاب العروة الوثقی در سنین 65 سالگی با استنباط فقهی استاد صورت گرفته و در حال حاضر توسط علمای مورد وثوق استاد در حال تحریر به رساله فارسی بوده است و احتمالا به احترام علمای اعلام قم و نجف اشرف از چاپ انبوه آن ممانعت فرمودند .
ضمنا بیش از 60 سال جلسات روزانه و 14 جلسه هفتگی استاد سید مرتضی خاتمی خوانساری برقرار می باشد.